Znaczna część aplikacji pozwala na wykorzystanie różnych silników bazodanowych. Część decyzji o wyborze silnika podjętych zostało w oparciu o złe przesłanki bądź wymogi wobec samej aplikacji uległy zmianie. W tych przypadkach możliwość migracji danych wraz z ich strukturą do silnika klasy Enterprise jest naturalnym rozwiązaniem problemu. Dotyczy to również przypadków migracji z kosztownych w utrzymaniu rozwiązań do rozwiązania optymalnego kosztowo.
EuroDB jest wyposażone w narzędzia umożliwiające przeniesienie danych z innego silnika bazodanowego do EuroDB. Współcześnie większość aplikacji oparta jest o frameworki, które wykorzystują warstwę abstrakcji bazodanowej. Pozwala to na bezproblemowe przełączenie silnika bazodanowego po migracji danych do PostgreSQL lub EuroDB.
Mechanizm migracji w EuroDB oparty jest o JDBC. Jako źródło danych wspierany jest również MS® Access. Przy wykorzystaniu narzędzia można do EuroDB przenieść schemat, klucze, ograniczenia i dane z baz danych MSSQL®, Oracle®, MySQL®, MariaDB®. W celu wykorzystania modułów, będących integralną częścią EuroDB oraz uzyskania wsparcia technicznego, możliwa jest także migracja ze starszych wersji PostgreSQL.
Należy zaznaczyć, że migracja nie zawsze jest łatwym procesem, a w skrajnym przypadku może być trudna do wykonania i kosztowna. Zależy to od stopnia wykorzystania specyficznych mechanizmów źródłowego silnika.